一、概念不同

军工保密资质全称为武器装备科研生产单位保密资格。保密资格认定是国家对武器装备科研生产单位的保密基本条件的评价和认可，是企事业单位承担涉密武器装备科研生产任务的必要条件。

涉密资质，全称为涉密系统集成资质。该资质是从事涉及国家秘密的计算机信息系统集成业务的单位需要取得的。

二、分级不同

涉密资质现在包括涉密信息系统集成资质、涉密载体印刷资质。

涉密载体印刷资质分为甲级和乙级两个级别。每一个级别分5个单项，分为涉密光电磁介质印制资质、涉密档案数字化加工资质、涉密防伪票据证书印制资质、国家统一考试试卷印制资质、涉密文件资料印制资质。

涉密信息系统集成资质分为甲级和乙级两个级别。每一个级别又分为8个单项，分别是总体集成、软件开发、安防监控、屏蔽室建设、系统咨询、工程监理、运行维护、数据恢复。

军工保密资质，分为一级、二级两个等级。

武器装备科研生产单位保密资格分为一级和二级两个等级。一级保密资格单位可以承担绝密级、机密级、秘密级科研生产任务，二级保密资格单位可以承担机密级、秘密级科研生产任务。